Рас­ста­вим знаки пре­пи­на­ния:

[Музей льна и берёсты в Ко­стро­ме (1)  — один из тех му­зеев], (2) (ко­то­рые можно найти толь­ко в таких ста­рых го­ро­дах). {[При­ме­ча­тель­но], (3) (что берёста и лён ка­жут­ся не слиш­ком род­ствен­ны­ми ма­те­ри­а­ла­ми)}, (4) {[но, (5) (если вспом­нить), (6) ({что наши далёкие пред­ки но­си­ли в ос­нов­ном льня­ную одеж­ду, (7) а лапти долго были на Руси един­ствен­ным об­ще­до­ступ­ным видом лёгкой обуви}), (8) ста­но­вит­ся по­нят­но], (9) (по­че­му лён и берёста со­сед­ству­ют в одном музее)}.

1)  тире между под­ле­жа­щим и ска­зу­е­мым;

2)  за­пя­тая от­де­ля­ет при­да­точ­ное пред­ло­же­ние от глав­но­го;

3)  за­пя­тая от­де­ля­ет при­да­точ­ное пред­ло­же­ние от глав­но­го;

4)  за­пя­тая на гра­ни­це ча­стей, свя­зан­ных со­чи­ни­тель­ным со­ю­зом НО;

5)  и 6) вы­де­ля­ют при­да­точ­ное пред­ло­же­ние;

7)  за­пя­тая на гра­ни­це ча­стей, свя­зан­ных со­чи­ни­тель­ным со­ю­зом А;

8)  за­пя­тая на гра­ни­це ча­стей в слож­ном пред­ло­же­нии;

9)  за­пя­тая от­де­ля­ет при­да­точ­ное пред­ло­же­ние от глав­но­го.

Ответ: 23456789.